La première scène se déroule la nuit avec Bakura, il se promène dans une rue sombre, mais celui-ci est poursuivit par une personne. Il a peur, il se finit par se cacher dans une église s'y croyant sûrement en sécurité, mais une voix lui parle et lui prend le contrôle de son esprit, c'est Yami Bakura qui revient pour commencer l'ultime jeu des Ombres.  
 
Le grand-père de Yugi raconte à Yugi comment il a trouvé le Puzzle du millénium, qui est émerveillé, mais pendant la nuit, des gens volent les Dieux et les Objets du Millénium sauf l'Oeil et l'Anneau. Yugi est intrigué et Bakura dit qu'ils vont bientôt commencer le jeu des Ombres.  
 
Ensuite, Bakura finit par voir Kaiba en duel, pendant ce duel, Kaiba aura plusieurs visions de son passé, le duel ne se termine pas et Bakura donne l'Oeil du Millénium à Kaiba en lui disant qu'il n'a qu'à participer au jeu des Ombres pour avoir toutes les questions à ses réponses sur sa relation avec le Dragon Blanc aux Yeux Bleus. Kaiba ne croit pas, il est choqué...  
 
Yugi et ses amis partent pour l'Egypte c'est ici que se trouve le Weiju, une pierre qui permettra au Pharaon de retrouver sa mémoire perdue. Ils rencontrent à l'aéroport Marik, Odion et Isis qui sont les gardiens de cette pierre.  
 
Ils partent tous à l'endroit au se trouve cette pierre, le Pharaon commença le rituel, celui-ci présente les trois Dieux et puis il est emporté dans le passé, Bakura qui les a suivis en profite lui aussi pour aller dans ce monde.  
Yugi se retrouve maintenant seul, sans son autre lui (le pharaon).  
 
Le Pharaon Atemu se réveille et il découvre que l'Egypte ancienne est son passé, les six prêtres qui ont chacun un objet Millénaire, les duels antiques, ou des personnes invoquaient des vrais monstres appelé "Kâ". Le Bâ et le Kâ sont l'âme d'une personne. 
 
Les problèmes commence, Yami Bakura va rendre visite au Pharaon et il découvre toute la puissance de son Kâ : Diabound. Les prêtres vont être vaincus et le Pharaon devra faire appel à Obélisk.  
 
Dans cette saison, on découvre les secrets de la fabrication des objets Millénaires, de la relation de Kaiba avec le Dragon Blanc aux Yeux Bleus, de la relation du Pharaon avec le Magicien des Ténèbres. Et puis on verra le véritable visage de Bakura, sa vrai nature. 
 
 
CARACTERISTIQUE DES PRINCIPAUX KA:  
 
Le Kâ de Mahado:  
 
Au début, c'est un magicien des Ténèbres, c'est un faible Ka, Mahado fusionnera avec lui et le rendra plus fort. 
Il va suivre le Pharaon et va le protéger. 
Celui-ci va vaincre Diabound.  
 
Le Kâ de Bakura:  
 
Diabound est un monstre puissant, puisqu'il gagne da la force au cours de la saison, il tiendra la tête au Dieux lui-même. 
Il a eu un pouvoir puissant, puisqu'il peut voler les attaques des monstres qu'il les a vaincus. Il change aussi de forme au fur et à mesure qu'il gagne de la puissance!  
 
Le Kâ de Seto:  
 
Dious est un Ka très puissant. Il n'a pas de pouvoir spécifique, mais il reste un monstre très puissant.  
 
Le Kâ de Mana:  
 
La Magicienne des Ténèbres, elle s'en servira plusieurs fois et elle sauvera même son maître: Mahado.